En los Colegios de la Compañía de Jesús se busca que cada Fundación cuente con directores que no sólo comprendan y contribuyan a cautelar la misión del Colegio, como obra escolar de la congregación, sino que puedan aportar también desde sus respectivas experiencias profesionales a dicha labor. El directorio de la fundación cumple su labor ad-honorem con gran generosidad y disposición. Se reúne periódicamente con la presencia de la Dirección del colegio, organizando su labor en un plan anual de trabajo. El directorio es presidido por quien se desempeña, además, como Delegado para la Educación en la Provincia Chilena de la Compañía de Jesús, es decir, es quien representa al Provincial en cada uno de los colegios jesuitas.
En la Fundación Educacional San Francisco Javier el directorio está compuesto por: Juan Cristóbal García-Huidobro SJ (Presidente), Cristian O’Ryan Squella (Vicepresidente), Nelson Peña SJ (Secretario), Magdalena Rojas (Directora), Cristian Contreras SJ (Director), Daniela Bachmann (Directora) y Marcelo Maldonado (Director).
